Phương pháp lặp là gì? Các công bố khoa học về Phương pháp lặp

Sự phục hồi quy mô lớn của các bộ genome từ các mẫu cô lập, tế bào đơn lẻ và dữ liệu metagenome đã trở nên khả thi nhờ những tiến bộ trong các phương pháp tính toán và giảm đáng kể chi phí giải trình tự. Mặc dù sự mở rộng này của các bộ genome nháp đang cung cấp thông tin chính yếu về tính đa dạng tiến hóa và chức năng của đời sống vi sinh vật, việc hoàn thiện tất cả các bộ reference genome hiện có đã trở thành không khả thi. Việc đưa ra các suy luận sinh học chính xác từ các genome nháp đòi hỏi ước lượng chính xác mức độ hoàn chỉnh và ô nhiễm của chúng. Các phương pháp hiện tại để đánh giá chất lượng genome là dựa theo cách riêng và thường sử dụng một số lượng hạn chế các gene “marker” được bảo tồn trên tất cả các genome vi khuẩn hoặc vi khuẩn cổ. Tại đây, chúng tôi giới thiệu CheckM, một phương pháp tự động để đánh giá chất lượng của một genome sử dụng một tập hợp rộng hơn các gene marker đặc thù cho vị trí của một genome trong cây reference genome và thông tin về vị trí đồng bộ của các gene này. Chúng tôi chứng minh hiệu quả của CheckM bằng cách sử dụng dữ liệu tổng hợp và nhiều loại genome chiết xuất từ mẫu cô lập, tế bào đơn lẻ và metagenome. CheckM được chứng minh là cung cấp các ước lượng chính xác về mức độ hoàn chỉnh và ô nhiễm của genome và vượt trội so với các phương pháp hiện có. Sử dụng CheckM, chúng tôi xác định một loạt các lỗi đang ảnh hưởng đến các genome mẫu cô lập công khai hiện có và chứng minh rằng các genome được thu nhận từ tế bào đơn lẻ và dữ liệu metagenome có sự khác biệt đáng kể về chất lượng. Để tạo điều kiện sử dụng các genome nháp, chúng tôi đề xuất một tiêu chí khách quan về chất lượng genome có thể được sử dụng để lựa chọn các genome phù hợp cho các phân tích tập trung vào gene và genome của các cộng đồng vi sinh vật.

Bài tổng quan này giới thiệu một paradigm đăng ký hình ảnh có thể biến dạng mới, khai thác mô hình trường ngẫu nhiên Markov và các thuật toán tối ưu rời rạc mạnh mẽ. Chúng tôi diễn đạt việc đăng ký có thể biến dạng như một bài toán đồ thị với chi phí tối thiểu, trong đó các nút tương ứng với lưới biến dạng, mức độ kết nối của một nút tương ứng với các ràng buộc điều chỉnh, và nhãn tương ứng với các biến dạng 3D. Để xử lý cả đăng ký biểu tượng và hình học (dựa trên điểm mốc), chúng tôi giới thiệu hai mô hình đồ thị, một cho mỗi tiểu bài toán. Hai đồ thị này chia sẻ các biến liên kết, dẫn đến một cách diễn đạt mô-đun, mạnh mẽ và linh hoạt có thể bao quát các tiêu chí khớp hình ảnh tùy ý, các mô hình biến dạng cục bộ khác nhau và các ràng buộc điều chỉnh. Để giải quyết bài toán tối ưu tương ứng, chúng tôi áp dụng hai chiến lược tối ưu hóa: một chiến lược hiệu quả về tính toán và một lựa chọn thả lỏng chặt chẽ. Những kết quả đáng hứa hẹn cho thấy tiềm năng của phương pháp này. Các phương pháp rời rạc là một xu hướng mới quan trọng trong đăng ký hình ảnh y học, vì chúng cung cấp nhiều cải tiến so với các phương pháp liên tục truyền thống hơn. Điều này được minh chứng bằng một số ví dụ quan trọng, trong đó khung trình bày vượt trội so với các phương pháp đăng ký đa mục đích hiện có về cả hiệu suất và độ phức tạp tính toán. Các phương pháp của chúng tôi trở nên đặc biệt thú vị trong các ứng dụng mà thời gian tính toán là một vấn đề quan trọng, chẳng hạn như trong hình ảnh trong phẫu thuật, hoặc nơi mà sự biến đổi lớn trong dữ liệu yêu cầu các tiêu chí khớp phức tạp và cụ thể cho ứng dụng, như trong các nghiên cứu quần thể đa phương thức quy mô lớn.

Tình trạng tỷ lệ bỏ học và rời lớp cao thường xảy ra trong các khóa học lập trình nhập môn. Một trong những lý do khiến sinh viên bỏ học là do sự mất động lực do thiếu phản hồi và đánh giá đúng tiến độ của họ. Do đó, cần có một cách tiếp cận theo quy trình trong việc đánh giá tiến bộ lập trình, điều này bao gồm việc xem xét và đo lường hành vi biên dịch và mã nguồn của sinh viên. Bài viết này xem xét các yếu tố của một cách tiếp cận theo quy trình, bao gồm các nghiên cứu trước đó đã sử dụng phương pháp này. Các chỉ số cụ thể được đề cập là Hệ số lỗi Jadud, Điểm số Watwin, Khoảng cách xác suất đến Giải pháp, Mô hình trạng thái lập trình chuẩn hóa và Mật độ lỗi lặp lại.